600全讯白菜官方网站李文均教授团队系统综述原核生物系统学最新进展及伯杰氏国际系统微生物学学会(BISMiS)在元数据时代应对挑战中的角色

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        原核生物包括了细菌和古菌,它们在生物圈中无处不在,并参与和驱动各种生物和环境过程。人体和动物相关的原核微生物在宿主消化、免疫和神经发育等多个过程中发挥重要作用。环境中的微生物则在物质循环和能量流动中扮演着多种重要的功能角色。原核生物的系统学对认识原核生物的多样性、进化过程以及功能特征都具有重要意义,同时原核生物系统学也是微生物学科学传播和交流中的重要和必要的环节。

 

        近日,我校600全讯白菜官方网站李文均教授课题组在国际学术期刊National Science Review上发表题为“Advancements in prokaryotic systematics and the role of Bergey's International Society for Microbial Systematics in addressing challenges in the meta-data era”的综述论文(图1)。

图1原核生物系统学发展的里程碑

        本文综述了原核生物系统学的发展与历史进展,以及BMSAB和BISMiS在这方面所做的贡献,探讨了微生物系统学取得的重大成就和进步,总结该领域的最新进展。原核生物系统学的起源可以追溯到17世纪,它经历了从基于基本表型的分类到基于生理、生化等复杂特征的多相分类的转变,并最终发展到目前的基于整体生理、生化与基因组的现代系统分类。在这过程中,伯杰氏国际微生物系统学学会(Bergey's International Society for Microbial Systematic,BISMiS)和伯杰氏细菌和古菌系统学手册(Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria,BMSAB)在指导和规范原核微生物系统学研究方面发挥了关键作用。此外,本文展望原核生物系统学存在的4个挑战和机遇:(1)如何构建稳定的符合真实进化的系统发育关系;(2)如何解决未培养微生物基因组带来新问题;(3)如何理解物种、基因和表型之间的关系;(4)如何开发快速进行物种鉴定的方法。该文旨在提供对微生物系统学的历史、现状和未来的见解,并为该领域的学者提供参考。此外,本文还概述未来应围绕着(1)信息数字化与人工智能;(2)学科交叉化;(3)内容前沿化;(4)理念包容化;(5)社区活跃化,这5点建议来应对挑战,期望通过加强原核系统学的持续发展,确保其在基因组学和生物信息学时代的创新性。

 

        600全讯白菜官方网站焦建宇副研究员和中科院新疆生态与地理研究所热西丁·阿不都艾尼博士作为本文共同第一作者,600全讯白菜官方网站李文均教授为通讯作者。河海大学张道锋博士、巴基斯坦农业研究中心的Iftikhar Ahmed研究员、2023白菜网址官网大全Mukhtiar Ali博士、昆士兰大学的Maria Chuvochina博士、俄罗斯科学院生物技术研究中心的Svetlana N. Dedysh教授、中国科学院微生物研究所的东秀珠研究员、德国莱布尼茨研究所微生物和细胞培养保藏中心(DSMZ)的Markus Göker博士、美国内华达大学的Brian P. Hedlund教授、昆士兰大学的Philip Hugenholtz教授、印度Agharkar研究所的Kamlesh Jangid研究员、中国科学微生物研究所/山东大学的刘双江教授、瑞典哥德堡大学萨尔格伦斯卡学院的Edward R.B. Moore教授、智利自治大学工程学院应用科学研究所Manik Prabhu Narsing Rao博士、以色列希伯来大学的Aharon Oren教授、西班牙地中海高级研究所的Ramon Rossello-Mora教授、印度Yenepoya 研究中心Bhagwan Narayan Rekadwad博士、印度国家农业食品生物技术研究所Nimaichand Salam博士、华南师范大学600全讯白菜官方网站束文圣教授、英国诺森比亚大学健康与600全讯白菜官方网站Iain C. Sutcliffe教授、马来亚大学理学院Wee Fei Aaron Teo博士、西班牙萨拉曼卡大学微生物学和遗传学系Martha E. Trujillo教授、南非比勒陀利亚大学生物化学Stephanus N. Venter教授、美国佐治亚大学微生物学系William B. Whitman教授和中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所赵国屏院士为本文的共同作者。2023白菜网址官网大全为该成果的第一完成单位。该研究工作得到国家重点研发计划,国家自然科学基金,广东省科技计划项目,新疆维吾尔自治区“天池英才-青年博士”人才引进计划和国家博士后面上项目支持。

 

原文链接:

https://doi.org/10.1093/nsr/nwae168