白菜官网骆观正教授课题组在RNA修饰m6A的精准检测技术方面取得突破

 N6甲基腺嘌呤修饰，即m6A修饰，是真核生物mRNA上最丰富的修饰类型。近些年大量研究表明，m6A参与了mRNA的核心调控通路，如剪接、翻译、降解等，在肿瘤发生、神经发育、免疫应答、干细胞维持等多种生物学过程中扮演重要角色。由于m6A修饰的化学性质与正常腺嘌呤A非常相似，因此很难使用化学的方法将其鉴定出来。2012年在Nature和Cell分别发表了通过m6A特异性抗体富集对m6A修饰进行全转录组测序的方法（MeRIP-seq或m6A-seq），然而MeRIP-seq存在分辨率不足（100 nt左右）、结果重复性低、样品需求量大、操作繁琐等原理上难以克服的弱点，给m6A研究这一近年来的热点领域造成较大的困扰。

7月3日，白菜官网骆观正课题组在Science Advances杂志上发表了研究论文“Single-base mapping of m6A by an antibody-independent method”，描述了一种全新原理的m6A检测技术 （m6A-sensitive RNA-Endoribonuclease-Facilitated sequencing, 或称m6A-REF-seq）。该技术利用了新发现的RNA内切酶对m6A的敏感性，摆脱了传统方法对抗体的依赖，实现了全转录组范围m6A的精准检测。骆观正教授为该论文的通讯作者，白菜官网博士后张璋为第一作者，谢伟教授和任间教授对该工作亦有贡献。白菜官网为第一完成单位。

该技术实现的关键是筛选出针对m6A修饰敏感的RNA内切核酸酶，同时为了降低假阳性，使用m6A去甲基化酶FTO在体外处理mRNA作为负对照，只有在FTO处理组中甲基化比例降低的位点才被认为是准确的m6A位点。作者也使用RNA二级结构预测软件对备选m6A位点附近的二级结构进行预测，并去掉受到二级结构影响的位点。使用该技术，作者对HEK293T细胞系mRNA的m6A修饰进行鉴定，得到了4260个高置信度的m6A修饰位点，这些位点的分布与MeRIP-seq测序的结果非常相似，呈现出经典的在终止密码子附近富集的模式，且主要存在于经典的DRACA或RRACA motif中。为了进一步展示方法的可信度，作者对随机挑选出的位点进行了逐一验证。结果显示，与之前的方法相比，该技术具有更高的灵敏度和更低的假阳性率。另外，该技术对样品的起始量要求大大下降，使得某些由于样品稀缺无法进行m6A实验的课题迎来了转机。据悉，该技术有望成为m6A研究的新标准，推动这一热点领域的快速前进。

文章链接：https://advances.sciencemag.org/content/5/7/eaax0250

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