RNA组学团队开发PolⅢ转录的非编码RNA功能网络信息库

本室成员RNA组学团队杨建华教授等开发了Pol3Base数据和信息库，系统鉴定RNA聚合酶III（PolⅢ）转录的非编码RNA(P3RNA)，全面解析P3RNA的互作组、表达、进化、表观转录组、疾病变异及调控网络。

       RNA组学团队率先开发一系列分析流程去发掘∼79000个PolⅢ转录的非编码RNA(P3RNA)与转录因子的互作组以及这些P3RNA与240多种RNA结合蛋白之间的相互作用网络;揭示了70个正常组织和28种不同肿瘤类型中P3RNA的表达谱及9700个表观RNA修饰位点。此外，通过比较人类和小鼠，发现了大约4000个进化保守的P3RNA；在32个不同的肿瘤组织中鉴定了上万种 tsRNA。通过分析体细胞突变数据，Pol3Base还提供研究了这些ncRNA的突变图谱，以帮助揭示它们在多种疾病中的潜在作用。Pol3Base 的访问网址：http://rna.sysu.edu.cn/pol3base/  或者http:// biomed.nscc-gz.cn/DB/Pol3Base/。

      该研究近日在Nucleic Acids Res杂志上在线发表，杨建华教授、屈良鹄教授、李斌副特聘研究员和郑凌伶副教授为论文的共同通讯作者。蔡黎、宣佳佳博士生为共同第一作者。

      近年来，该团队建立了国际先进的RNA组学平台：基于非编码RNA与其靶标及非编码RNA与蛋白的互作规律构建了新的罚分矩阵模型，开发了starBase2.0、snoSeeker、RMBase、tsRFun等新一代功能RNA组学技术及在线分析平台。这些技术在海量的CLIP-seq等测序数据中高精度地发掘出成千上万的非编码RNA与靶标、非编码RNA与蛋白之间的功能互作及网络。与国际类似方法比较，这些方法显著地降低了非编码RNA功能互作网络预测的假阳性率。研究成果在Nucleic Acids Res等发表系列论文11篇，starBase 2.0 还入选“2014年中国百篇最具影响国际学术论文”，现已被Nature、Cell等杂志他引超过2000次。采用这些技术，该团队与国际同行合作解析mRNA中m6A修饰生成机制和新的m6A修饰读码器等突破性成果已发表在Nature（2019）和Nature Cell Biology（2018）等国际重要杂志上。

原文链接：https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab1033/6423189